梵宇
山寺
山寺舊名聖恩菴，宋寶祐間，建天順間， 賜額為聖恩禪寺。初萬峰蔚禪師既創菴居，復得葉和甫所葬碑石，欣然若有宿契，遂盛作佛宇。其後有普壽智璿、道清、道宗以下，相繼修建樓閣傑聳，與林谷相輝映，遂為西山叢林甲乙焉。中有大雄殿上設釋迦彌陀藥師像，繞以十八羅漢，其天神二十則侍立焉。左為鐘樓殿之前為天王殿立， 高皇帝賜無念， 御製詩碑刻又前為金剛殿，其東立小山門，以便出。入殿之後，有毘盧寶閣中設毘盧遮那像，環列十二圓覺楣棟列無名佛萬計，又名萬佛閣下奉觀音大士像，傍庋經律論三藏，書五千軸。閣後為禪堂中設憍陳如像，旁設廣榻，則修其學者列焉。其左有大悲殿，後為法堂，堂左屋以奉釋。初祖達磨及中峰、萬峰二師，亦有祖師堂，右屋為伽藍神。趙松、雪書，扁其東為齋堂，扁曰香積，庾庫庖湢二十餘楹。寺既有名額人慕萬峰道行又稱萬峰寺云。
以上係舊志文，以下據見在記。
大雄寶殿
宋寶祐年間，創始至明洪武二十年丁卯四月開山始祖時蔚鼎建正統元年丙辰閏六月，住持智璿重修。崇禎八年乙亥七月，住持法藏，又重修於大清順治十四年丁酉七月十一日，住持弘璧，同耆舊戒，萃監寺濟如照聞等，重新鼎建。
毘盧閣
亦名梵天閣。在大殿後，正統十年乙丑六月，住持道清鼎。建崇禎七年甲戌十一月，住持法藏，重修上層。順治十三年冬，住持弘璧，又修下層。
大法堂
在佛閣後永樂十四年丙申十二月，住持智璿鼎建廢久基存於順治五年戊子正月初六日，住持弘璧、同濟、据濟如等重建。
舊方丈
在法堂後地，益高山之最深處也。其後有美石嵌空玲瓏，森肰離立，前臨虛壑，瞰太湖諸峰於欄檻外。洪武九年丙辰，開山萬峰蔚祖創建，太常卿程南雲扁曰天開圖畫。隆慶間，杖朝頑徤，吳涵復扁東為雙梧軒。少師姚廣孝題西有碧照軒主，事陳亢宗書後有室曰：萬峰深處，即蔚祖寢堂並廢基存。今樹景 英二廟御碑，永鎮於上。恢復事蹟別見
天王殿
在大殿前，景泰七年丙子五月，住持道清鼎，建崇禎八年乙亥十二月二十六日，住持法藏，同門人弘璧監寺濟教等，重建洞庭。優婆夷，法名濟𥳇。捐貲，協建中，奉彌勒像，傍列四天王彌勒像。後立，高皇帝 賜無念， 御製詩碑，南向懸敕賜聖恩禪寺扁。旹大明天順三年歲次己卯五月吉日題
金剛殿
在天王殿前，正統十一年丙寅三月，住持道清鼎建。今廢
三門
在天王殿前，順治五年戊子正月初六日建，即金剛殿基。
香花橋
在金剛殿左正統十四年己巳七月，石城萬壽寺住持宗學捐貲獨力建本寺釋道清題。石刻在橋南下
鐘樓
在大殿東南洪武二十一年戊辰，寶藏持禪師建崇禎七年甲戌四月初九日，住持法藏同堂主性貢重，建上懸法華鉅鐘，下設舍那佛像。事蹟別見
大悲殿
在佛閣西北隅，即棲雲山居故址。崇禎十年丁丑八月初七日，住持弘璧，鼎建海虞譚于墀為求嗣，捐貲協建。
南廊
在大悲殿前長廊在大悲殿，左一指軒，在長廊中間，俱崇禎己。卯年建。
拈花堂
在南詢堂前，即虛碧璿禪師退居故址。崇禎二年己巳六月十六日，住持法藏同監寺濟萃、堂主性貢等鼎建。事蹟記云璿禪師以僧臘之高謝事，退隱同袍 禪師典其事。又師墖銘云，營築退居墖院二所俱備。又云瘞於祖墖之左，倚於本寺之右，崇禎六年癸酉，按察御史陳公乾陽置額，題為萬峰禪院，興復事蹟別見。
方丈
在拈花堂西北天山墖院前。崇禎三年庚午四月，住持法藏建。
華嚴壇
在方丈後墖院左，順治十年癸巳，閏六月十二日，住持弘璧鼎建。
藏經閣
在新法堂右，順治十年癸巳十一月二十二日鼎建。
證心室
在方丈左肩，崇禎四年辛未建，藏禪師為諸子入室處。
精進堂
在拈花堂右肩，崇禎三年庚午八月，住持法藏鼎建。
大歇關
在拈花堂西南，精進堂前，永樂十四年丙申建，即虛碧璿禪師退居。天啓五年乙丑，藏禪師於此著濟宗頌重修。
叢桂齋
在大歇關前。崇禎十一年戊寅二月十七日，住持弘璧建。
四宜堂
在拈花堂前。永樂十四年丙申建，即虛碧璿禪師退居。於大清順治十三年歲次乙未九月初三甲申日子時重建。
庫房米廩
並在白衣閣後。崇禎四年十月，住持法藏建。
白衣閣
在拈花堂東南庫房前。崇禎十四年辛巳二月初二日，住持弘璧同監寺濟觀等鼎建，上奉白衣大士像。
即心堂新樓行寮淨所
俱在叢桂齋西南一帶，崇禎四年辛未十一月建。
純白窩
在寺西，崇禎六年癸酉七月二十日，住持法藏鼎建，開荒鑿池，置飯僧田三百六十餘畆，有撫按府縣免役碑。建大義堂、放生所、諸堂室，永為聖恩下院。
舊法堂
在大殿東北隅，洪武九年丙辰，開山萬峰蔚祖鼎建。正德二年丁卯七月十一日，練川普炤禪寺住持明遵重建。
西菜園
在寺西萬工池東南，順治十五年十月二十日建。
碧雲庵
在寺東柴庄嶺，順治十五年十月，聖恩常住恢復重修。
天壽寺
在寺西真如塢，順治七年歲次庚寅十一月十五日丑時，住山沙門弘璧鼎建。
地藏殿
在大法堂東舊東厰基，康熙三十四年乙亥秋建。
影堂
在藏閣西舊南詢堂址，供中興二代剖石璧禪師像，始於康熙三十一年壬申冬，告峻於三十八年己卯春，住持嗣法門人濟石、誄震、濟涵、濟志同建。司空李萊嵩居士顏其額曰真獅堂
康熙三十五年丙子七月二十三之夕，大風鼓發，林木拔倒，山門壓坍，是年冬重修。
大殿
在康熙三十七年戊寅春，住持濟志重脩佛像暨彌勒佛像，於康熙四十四年六月，比丘淨覺超福捐貲重裝金。
天王殿
於康熙四十四年乙酉秋，住持濟志同比丘超福淨覺捐貲重脩。
純白窩、七佛殿
為白蟻所傷，傾1圮於康熙四十六年丁亥十月。是年冬，住持濟志同兩序職事重新鼎建。
又
新菴
又名善慶，在市墟，舊為邵武知府徐公濟墓廬，又有東菴，其北有石址菴，即宋黃策祠。
正覺菴
在陸家塢，元元統二年甲戌，僧大楫建，廢久，其方池尚存，西南為長旂，嶺有鳳翔菴。宋咸淳元年乙丑，僧椿壽建，舊傳其下蓮池最勝，今不存。
五十三叅
舊名善財房，在本寺右。永樂十二年，萬峰的嗣虛碧璿禪師鼎建，隆萬間荒廢，遂為民間別業。崇禎七年，僧性乘同徒海慈募資恢復。崇禎十四年，蔡懋德捐資，為僧濟炤倡首重修。
妙高菴
在本山後，萬曆丙辰年僧一輪開創。崇禎八年乙亥僧寂聞重修，左有井，清冽味殊。
山居
紫雲居
在舊法堂後，初蔚禪師卓錫之地，王文靖公汝玉題扁。其東上為東山居，門徑幽僻，林樾交覆，中有松雲堂，尤多美竹。今廢
南園
在小山門東南下路，數折而入，皆松竹環繞。又有流泉經其左岡，清潔可愛。今廢
棲雲山居
在禪堂西北，結廬負巖，開厨映竹，臨眺澄湖，於長松之下，青爽特甚。左有瑞雲軒西隱皆高竹，喬松密布，前後有危樓，中聳推窓青鬱觀者，灑然易慮，信佳處也。樓左右有筠隱、蒼雪二軒，或題為竹塢云。並廢，今建大悲殿於上。碑記別見
古松山房
地僻多美竹，東小徑八澄湛軒尤靜美。其中和房、壽椿房、慶雲精舍、萬峰塔院，皆據巖壑勝處，匪其緣，弗能居也。
蓮花居
在香光室左。崇禎十四年辛巳八月，老宿海舒搆，於此專修淨業。
歇心居
在鐘樓東。崇禎十一年戊寅五月，僧濟長濟時同建。