附錄
一、真唯識量
「真唯識量」也叫「唯識比量」。這個比量是窺基在《因明大疏》中向世人介紹的。《大疏》把這個比量叫「唯識比量」，後來才傳為「真唯識量」。這個比量是成立唯識理論的，所以叫「唯識比量」。由於它很好地運用了因明格式和規則，從唯識派立場看，好像它是成立唯識理論的顛撲不破的比量，所以後來又把它叫「真唯識量」。
「真唯識量」是在與別人辯論中產生的，也就是說，這個比量是有所針對的，因此，要了解它的意義，必須首先了解其產生的背景。《大疏》卷五說：
（玄奘）大師，周遊西域，學滿將還。時戒日王王五印度，為設十八日無遮大會，令大師立義，遍諸天竺，簡選賢良，皆集會所，遣外道小乘，競申論詰。大師立量，時人無敢對揚者。大師立唯識比量云：「真故極成色，不離於眼識，宗。自許初三攝，眼所不攝故，因。猶如眼識，喻。」
這是窺基所敘述的唯識比量的來歷。從這個敘述看，玄奘在印度十八日無遮大會上所提出的理論，是「唯識比量」。慧立撰、彥悰箋的《大唐大慈恩寺三藏法師傳》卷四、五，對此事講得更詳細。據《三藏法師傳》記載，玄奘在印度留學時，南印度有個名叫般若毱多（智護）的老婆羅門。他是國王灌頂的老師。此人也懂當時流行的小乘正量部佛學。他看不起大乘唯識學說，著《破大乘論》七百頌。此論很受小乘各部的推重，尤其是得到正量部的欣賞。般若毱多將此論呈給國王，並吹噓說，大乘人連此論的一個字也破不了。國王說，不一定，鼷鼠自謂比獅子還雄，但當它真地見到獅子時，便魂飛魄散了。你若見到大乘人，並和他們辯論，也可能這樣。般若毱多不服氣，要求與大乘人對決。國王答應了他的要求，致書那爛陀寺戒賢，要他派人來辯論。戒賢打算派海慧、智光、師子光和玄奘四人前去。海慧等三人不敢去。玄奘說，小乘三藏我也曾學過。小乘的教旨決不能破大乘。諸位不必憂慮，還是去吧。縱然失利，由我中國僧人負責。海慧等人聽了這番話才放心，願意前往。後因其他原因，未去成。但玄奘針對般若毱多的《破大乘論》，寫成《制惡見論》一千六百頌（已不存）。此論很得那爛陀寺學者稱讚。後來戒日王知道此事，將論要去。戒日王看後也極力推崇，說：「日光既出，則螢燭奪明；天雷震音，而鎚鑿絕響。」（《三藏法師傳》卷五）可見，戒日王認為此論完全能夠駁倒小乘的說法。戒日王還把論文交給眾學者看，請他們駁難，結果無人能駁。據說那裏有位上座，名提婆犀那（天軍），解冠群英，學該眾哲，經常誹謗大乘學說。他知道有此論後，連看都不敢看就走避了。戒日王還怕不一定全印度都能信服，便特意為玄奘召開了一次無遮（無條件限制）大會，請全印度沙門婆羅門外道來反駁。這次大會是在曲女城開的，所以有時也稱此次大會為曲女城大會。據《三藏法師傳》說，玄奘登主位，為論主，先申明作論的原委，然後請一個人在大會上宣讀論文。還抄寫了一份懸掛在門外，讓那些不能參加會的人看。玄奘聲言，如果有人能駁倒此論的一個字，甘願斬首相謝。大會開了十八天，無人敢駁，以玄奘取勝宣告結束。
《因明大疏》說玄奘在大會上拿出來的是「唯識比量」，而《三藏法師傳》則說拿出來的是《制惡見論》。那麼究竟拿出來的是什麼呢？把這兩種資料聯繫起來，可以推想，「唯識比量」當是《制惡見論》的主要內容。這可以從「唯識比量」與正量部的學說看得出來。正量部學說與大乘唯識理論在對待心境的問題上剛好相反。大乘唯識理論（以唯識比量所要建立的為代表）主張心外無境。雖然其他小乘諸派也不同意這種主張，但正量部反對得尤為強烈。正量部主張心外有境，心境各別；境非剎那滅，色法可以住一時期，心卻剎那滅（小乘有部認為色也是剎那滅）。所以，正量部認為，心境完全不同，「心之緣境，如手取物」。般若毱多《破大乘論》的主要內容，大概就是正量部的觀點。玄奘的《制惡見論》恐怕就是集中地駁斥了這一點。玄奘在無遮大會上提出來的很可能是《制惡見論》。那麼，窺基說玄奘在大會上提出來的是「唯識比量」，又怎麼解釋呢？據我們推想，拿到大會上去的是《制惡見論》，但此論以「唯識比量」為綱，所以窺基才說拿到會上去的是「唯識比量」。這樣做法並非始於玄奘。在玄奘去印度以前一些時候也曾有人這樣做過。如清辨的《掌珍論》就是以一個比量為綱，對瑜伽理論進行了駁斥。《制惡見論》很可能就是效法這種方法寫成的。可惜此《論》早已不存，我們也只能根據當時情況進行推測。
在未具體分析「真唯識量」之前，先講一講原委是有用處的。因為因明的比量不是純抽象的推理，而是跟人家辯論產生的，是具體的，有針對的。因此，提出一個比量，必須指出此比量發生在什麼時候，什麼地方，論敵雙方的面目。只有如此，議論才有著落。
根據上面的敘述來看，可知玄奘所立的比量是依據瑜伽行唯識學說對小乘正量部提出的駁難進行反駁難的。就是說，先有小乘正量部破大乘唯識的理論，而後才有大乘唯識對正量部的反擊，當然也連帶著反對了一般小乘。這個背景是很重要的。如果沒有這個背景，玄奘所提出的比量就犯不極成的過失，因為參加無遮大會的有各方面的人士，除佛教大小乘學者外也還有佛教以外的學者參加。但由於玄奘所立的比量主要是針對正量部的，而且又是對正量部責難的反駁，所以雖然參加的人很複雜，此比量也不會有不極成的過失。
「唯識比量」基本上是按著前人的因明立量規則所立的，但其中也有玄奘的發展與活用。這樣，「唯識比量」與以前因明家所立的量比較起來，就顯得有特色了。那麼，這個比量的特殊的地方在哪裏呢？其最大的特徵就是運用了「簡別」的方法。由於玄奘在此比量裏加了「簡別」語，從而不但不犯錯誤，反而顯得更加確定。再者，這個比量是有深厚根據的。由於有這兩個特徵，「唯識比量」是符合因明規則的，而且推理嚴密、周到，無隙可乘。
宗：真故極成色，不離於眼識
因：自許初三攝，眼所不攝故
喻：猶如眼識（同品）
這是一個完整的因明論證式。這裏雖然缺喻體和異喻，但按規定，這些都可以省。很明顯，這個論證式跟以前的是有不同的。這裏面有幾個「簡別」（限制語），如「真故」、「極成」、「自許」等。現在暫不談「簡別」，先把三支論式逐一分析一下。
宗——宗裏的真正有法是「色」，法是「不離於眼識」。論主立此宗的目的在於成立境不離識，識外無境。境有多種，識也有多種。這裏僅以「色」代表境，以「眼識」代表識。只要色「不離於眼識」可以成立，餘者，如聲不離於耳識等也能成立。此如《觀所緣論》一樣，只講前五識。
因──這個比量的真正理由是就一組能緣與所緣的關係所構成的性質說的。「初三」是十八界六個組合中的第一組，即眼根、色塵、眼識一組。因為它們是第一組，所以叫「初三」。「初三攝，眼所不攝」表示色與第一組中三者的關係。色對色塵來說，自然是它所能包括的（攝：包括）。色對眼根來說，眼根與色不發生直接關係。眼識緣色只以眼根為所依，所以說「眼所不攝」。「眼所不攝」就是眼根所不攝。看來，重要的是色對眼識的關係。眼識是能緣，色境是所緣。所以，整個「因」就是一組能緣與所緣的關係。換言之，成立色「不離於眼識」就是從能緣與所緣的第一組之間的關係來找理由。
喻──這裏僅用了同喻的喻依（如眼識）。這是符合因明規則的。按同品定義，與所立法由共通而相似的那種法就是同品：眼識與色，由不離眼識這一共同點而相似，可以作為同品。實際上，能夠作為「色」的同品的也只有眼識，因為具有「不離於眼識」這種特性的只有色與眼識。不過這裏出現這麼一個問題：喻中的眼識與宗中的眼識有什麼區別？這一點，玄奘本人和窺基都未做說明。宋代延壽在《宗鏡錄》卷五十一裏做了解釋。他認為，宗中的眼識是自證分，喻中的眼識是見分。宗中的色則是相分。按陳那的說法，眼識緣色是見分緣相分。見分緣相分必有所知，這叫自證分。如圖。見分、相分都不離於自證分，被自證分所包括，所以眼識（見分）可以作為色（相分）的同品。
下面講「簡別」。
比量中為什麼要加「簡別」？為了說明這個問題，先解釋一下比量的三類。（一）共比量。比量的三支，除立論者的主張（宗體）以外，別的（宗依、因的三相、喻依、喻體）都要極成，即都要為立敵雙方所共許。其共許的程度不僅限於言陳，還要照顧到意許。否則就要犯不極成的錯誤。這種錯誤如同違反形式邏輯的同一律一樣。如果是雙方共許的，就叫極成，謂之共比量。（二）他比量。有時為了破對方的理論或主張而替對方假設，如說：「照你所說……」，這就不是雙方共許，僅為對方所許，這叫他比量，在辯論時，一般用「汝執」或「執」來表示。加了這類限制詞，便可以避免犯自教相違的過失。（三）自比量。對方來破，或有人來求教時，為了給自己的主張做辯護，或為了教人，要立「救量」或「教量」，而這「救量」或「教量」又不是對方所同意的，或對方暫時還未了解自己的話時，這樣的量就是自比量。在這種情況下，一般用「自許」來表示。比量既有三類，在論辯中就需要加以明確，這樣，在比量中加「簡別」就是必須的了。
「唯識比量」是共比量。就是說，它所立的主張是要讓大家都同意，而不是要某家單獨同意。因此，「唯識比量」的三支各部分，除宗體外，皆須極成。但事實上，唯識家的理論決不是大家所都能同意的。在這種情況下，為了要使自己的量站得住，就要加「簡別」。這是玄奘對因明規則的貢獻。
下面具體分析一下各個「簡別」的意義。
（一）對「宗」的簡別。
宗的全文是：「真故極成色，不離於眼識」。這裏的「真故」、「極成」就是簡別詞。假如不用簡別詞，僅說「色不離於眼識」，就犯世間相違過，因為人們從常識上知道，色是離眼識而獨立存在著的。加上簡別詞就避免了這種相違。
「真故」：故，由於；真，勝義。「真故」管到宗體，即管到「極成色不離於眼識」，就是說，從勝義上說，極成色是不離於眼識的。勝義也就是所謂「高深的道理」。加了「真故」二字，就表示用高深的道理談問題。從常識上看，好像色離識有，但從高深道理來看，便知色不離識。既然是用高深道理談問題，就「無違於非學世間，又顯依大乘殊勝義立，非依小乘。亦無違於阿含等教色離識有，亦無違於小乘學者世間之失」（《大疏》卷五）。佛教把整個人類分為兩部分：學者世間與非學世間。學者世間即佛教各派，非學世間即佛教以外的外道和普通人。非學世間的人認為色離識有。從大乘唯識派看來，這種看法當然是很淺薄的。學者世間又有大乘和小乘。「小乘共許心外有其實境。」（延壽：《宗鏡錄》卷五十一）《阿含經》為了向小乘人說教，也說色離識有。這樣，如要立「色不離於識」，就需要加以簡別。玄奘用了「真故」二字，這就表示色不離於識是依大乘殊勝義而立的。加了這種簡別，就無違於非學世間，也無違於小乘學者世間以及《阿含經》的經文了。
「極成」，此管色。「唯識比量」的色並不包括所有的色。用極成對色加以限制，就表示這裏的色僅是立敵雙方共同認可的。例如，小乘主張有「最後身菩薩染污色」、「佛有漏色」。這是大乘不承認的。如果把這兩種色也包括在宗有法裏，就犯「一分自所別不成」的過失。「所別」即宗中有法，亦即色。「一分」即一部分。「自」即立者。「一分自所別不成」就是宗中有法的一部分不被立者自己承認。同時也犯「一分違教」的過失，即有一部分違背自己主張的過失。再從大乘這方面看。大乘主張有「他方佛色」和「佛無漏色」。這又是小乘不承認的。小乘不聞他方佛名，所以不承認有「他方佛色」。再者，小乘計所受身仍非無漏，所以不承認「佛無漏色」。如果不把這兩種色（他方佛色、佛無漏色）簡除，就犯「他一分所別不成」的過失。「唯識比量」用極成對色加以簡別，這表示除了雙方各不承認的以外，其他所有的色皆是雙方共許的。
（二）對「因」的簡別。
玄奘在因支裏所用的簡別是「自許」。自許就是自宗的主張。為什麼要加自許？為了說明這個問題，首先談一下玄奘這個「唯識比量」的理論淵源。到玄奘那時候，講唯識的一般都以護法的《三十頌釋》為根本典據。玄奘譯的《成唯識論》，就是以護法釋為標準，廣收其他各家註，加以糅雜而成的。我們從《成唯識論》裏可以看出，玄奘的「唯識比量」的骨幹部分在護法的《三十頌釋》裏就已經有了。《唯識三十頌》的第十七頌說：
這一頌可以說是唯識理論的總結性說法。護法從兩方面對此頌做了解釋：一是教，二是理。理就是用因明比量加以論證。護法共用了四個比量。其中第三個比量是這樣的：
宗：此親所緣，定非離此
因：二隨一故
喻：如彼能緣（參見《成唯識論》卷七）
我們先就這個比量本身做些解釋。「親所緣」即是相分。「定非離此」的「此」是代詞，代「識」。在這個比量裏，宗的意思是：相分定非離識。理由是：二隨一。「二」即見分和相分。「二隨一」是說見分和相分都被識所包括。喻（同喻）裏的「能緣」即是見分。見分也定非離識，所以可以作相分的同品。如圖：
從這個論證式可以看出，玄奘的「唯識比量」的骨幹，在護法的著述中即有了。「唯識比量」裏的宗、喻，跟護法的幾乎完全一樣。所不同的是「因」，玄奘未用「二隨一」，而用了「自許初三攝，眼所不攝」。為什麼單在「因」上加以改動呢？這是由當時情況決定的。玄奘是唯識家，不能違背自宗的典據，因此必須繼承前人的說法，保持其骨幹部分。但玄奘那時候，唯識學說遇到正量部的反對，玄奘要對他們進行反擊並戰勝他們，就不能原封不動地照搬舊說，而必須做些改動或發展。這裏面最重要的就是提出新理由，就是說他必須用更加充分的根據證成唯識。這就是為什麼玄奘的「唯識比量」特別在「因」支上與前人不同的原因。
下面就談一下玄奘對「因」支的改動。首先看看「初三攝，眼所不攝」。這兩部分缺一不可。如只說「眼所不攝」，而不說「初三攝」，就會構成不定的過失。可以作成這樣的論證式：
宗：極成之色，定不離眼識
因：眼所不攝故
喻：如眼識
這個比量的理由是不決定的，因而也可以換成這樣的論證式：
宗：極成之色，定離眼識
因：眼所不攝故
喻：如後五三
「後五三」（十八界六組中的後五組）是定離眼識的，可以作色的同品。「後五三」也是眼所不攝。所以，如果以「眼所不攝」為因，這個論證式是可以成立的。如果立論者許「如後五三」，恰好證明「極成之色，定離眼識」。因為大乘唯識學者許「後五三」離眼識。如果立論者硬要立「極成之色，定不離識」，以免犯不定之過，那就會構成另一種錯誤——違自宗的錯誤。
如果單說「初三攝」，不說「眼所不攝」，將會構成什麼過失呢？《大疏》卷五說有三過，即不定、法自相相違和決定相違。其實只有不定過。可以立這樣的比量：
宗：色，定不離眼識
因：初三攝故
喻：如眼識
但也可以立這樣的比量：
宗：色，非定不離眼識
因：初三攝故
喻：如眼根
「初三攝」的因太寬，可以用眼根為同喻，眼根也是初三。但眼根可以不離眼識（根為識依）；也可以離眼識（根識各別：根是色法，識是心法），因此就不能說「定不離眼識」，只可說「非定不離眼識」。這就構成不定過。
「因」裏所用的「簡別」僅是「自許」。單說「初三攝，眼所不攝」還不能確保理由的正確，還必須加「簡別」詞。玄奘是用「自許」加以簡別的。這非常重要。「自許」一般用於自比量。「自許」是在因中加的，但它可以影響到宗、因、喻三支，至少可以影響到因的全體。而玄奘在這裏所用的「自許」卻不是自比量，而是共比量。因為這裏的「自許」只管「初三」，並不管因的全體。換言之，這裏的「自許」僅對「初三」加以限制，而並不對因的全體加以限制。這是被允許的。如以初三裏的色為例，色要不要極成呢？一般是要極成的，但可以變通，即可以保留「自許」的部分。如圖：
加了「自許」就把立者色也包括進去。這是以色為例，眼根、眼識也如此。在一般情況下不能加「自許」，但玄奘立「唯識比量」的情況特殊，是可以加的。一者，玄奘的「唯識比量」是針對正量部的出過立的。正量部是用唯識家比量的自身矛盾來出過的。既然如此，唯識家當然可以用自宗的所許來救。再者，在比量裏，用語言表示出來的意思是「自相」；言外意許的意思是「差別」。「唯識比量」裏用語言表示出來的色（有法）是極成的。極成色應該離識，因小乘不承認色不離識。但「唯識比量」裏意許的色則不是極成的，而是不離眼識的。這層意思在宗支裏看不出來，但一進入因支便暴露出來。在這種情況下，如不加「自許」，敵者就可據以作「有法差別相違」量。玄奘在因中加了「自許」，就避免了這種錯誤，而且當敵論來出過時，「自許」便可以起作用。那麼正量部可能從哪方面出過呢？正量部雖然主張眼識緣外色，但在這裏他們勿須提出自己的主張，僅用玄奘的比量自身的「有法差別相違」，就可以對玄奘加以駁斥。玄奘繼承了陳那、護法等人的帶相說，認為眼識色乃是自己的見分通過相分（影像、色）來緣第八識的相分（本質、色）。所以，眼識直接緣的是相分（影像色）。相分色是不離眼識的。玄奘的本意雖然如此，但如果在因支裏不加「自許」字樣，則不能確定此意思，別人可以理解為緣本質色。本質色是離眼識的。如圖：
可見，如不在因中加「自許」，相同的因喻可以得出兩個相反的結論，構成「有法差別相違」過。敵論可以針對玄奘的比量立這樣的量：
宗：極成之色，非是不離眼識色
因：初三所攝，眼所不攝故
玄奘預想到正量部可能在這方面來破，即出玄奘「唯識比量」的「有法差別相違」過，便在因中加了「自許」，這就可以復出正量部相違量的「不定」過。其論證式為：
宗：極成之色，是不離眼識色
因：初三所攝，眼所不攝故
喻：如自許他方佛色
「他方佛」只是觀念上的佛，如淨土所信仰的佛，雖具足三十二相，但這種佛色僅存在於眼識的相分。正是由於先在因中加了「自許」，才可以把「自許」轉到同品上去。因既然加了「自許」，喻當然也可以加「自許」。他方佛色是定不離眼識的。正量部的比量本身既有不定過，就說明玄奘的「唯識比量」並未犯「有法差別相違」過。「凡顯他過，必自無過，成真能立必無似故。」（《大疏》卷五）這是用了指出對方錯誤而顯示自己正確的方法。
當然，如果正量部不是用玄奘比量本身矛盾出過，而是用雙方共許的理由出過，玄奘就不能用「自許」，如用，則犯無體俱不成的過失。因為正量部根本不承認有他方佛色。
總之，玄奘的「唯識比量」是有根據的，組織得很嚴密，當然這也只能服人之口，而不能服人之心。
「真唯識量」傳入新羅以後，據說元曉（新羅人）曾給作了決定相違。新羅還有一位高僧，名順憬，曾來過中國。他在新羅很有名氣。據傳他持戒謹嚴，不願意講話，說四句頌都嫌多，喜歡入靜。元曉把所作決定相違交給順憬。憬不能解釋，把它寄到長安，請玄奘解釋。此時玄奘已死，窺基乃代為解答。（有說此決定相違量為順憬所作）
決定相違量：
宗：真故極成色，定離於眼識
因：自許初三攝，眼識不攝故
喻：如眼根
這個比量如單獨成立，從因明規則看，是合適的。如作違量，則有過失。照窺基的解釋，此比量犯六種過：
（一）《大疏》卷五說：「凡因明法，若自比量，宗因喻中皆須依自，他共亦爾。立依自他共，敵對亦須然，名善因明無疏謬矣。前云唯識依共比量，今依自立，即一切量皆有此違。如佛弟子對聲生論，立聲無常，所作性故，譬如瓶等。聲生論言，聲是其常，所聞性故，如自許聲性。應是前量決定相違。彼既不成，故依自比，不可對共而為比量。」這段話的意思是：①所立的比量三支，或自或他或共，須一致。如宗支是自比，因喻二支亦應是自比。他、共亦然。②立者量如是共比，違量也須共比；立者量如是自比，違量則應是他比；立量者如是他比，違量則應為自比。如表：
立者原量：共 自 他 ↑ ↑ ↑ 敵者違量：共 他 自
順憬的決定相違首先就違背了這一規則。玄奘的唯識比量（「前云唯識」）是共比量，而順憬的決定相違則是自比量。如果可以這樣，那麼一切量皆能有相違量。如佛弟子對聲生論立了這樣的比量：
宗：聲無常
因：所作性故
喻：譬如瓶等
聲生論便做了這樣的決定相違：
因：所聞性故
喻：如自許聲性
前者是共比量，後者則用了自比量，這是不成的。
（二）窺基指出順憬的第二個錯誤是：「宗依共已言極成，因言自許，不相符順。」（《大疏》卷五）這是說，順憬的比量，宗是極成的，而因卻是自許的。這叫「不相符順」，即宗因喻三支不一致。
（三）第三個錯誤是：「因便有隨一不成，大乘不許，彼自許眼識不攝故，因於共色轉故。」（《大疏》卷五）這是說，順憬所立的因，只是他們自許的，大乘不承認，所以犯「他隨一不成」的過失。小乘認為色離於識，而大乘則認為色不離於識，所以說「大乘不許」。「因於共色轉」：這句話，智周在《因明入正理論疏前記》卷中裏做了解釋：「因於共色轉者，即小乘自許初三攝因，於極成色上轉，故言共色也，大乘不許。」這是說，順憬所說的初三中的色是離於眼識的。大乘也有一部分色是離識的，如本質色。所以離識的色是極成的，是共色。但作為違量用「共色」是不行的，大乘不許。大乘比量因中的色是不離識的，是不極成的。順憬硬用自許的色，就構成第三個錯誤：他隨一不成。
（四）第四個錯誤是：「同喻亦有所立不成，大乘眼根，非定離眼識，根因識果，非定即離故，況成事智通緣眼根，疏所緣緣，與能緣眼識有定相離義。」（《大疏》卷五）同喻是所立法的例證，如缺同品，即不能有所立法，就叫「所立法不成」。順憬所犯的第四個錯誤也就在於此。因為大乘的眼根「非定離眼識」（可以離，也可以不離）。大乘認為，根與識是因果關係，根識同時而起，這可以說是「不離」。但當人們修行還在因位的時候，識緣色，不緣根，這又可以說是「離」。可是，修行達到果位的時候，即具有了成事智（成所作事智）的時候，識不但緣色，而且緣根（通緣），這又可以說是「不離」。即使是在果位，作為親所緣的眼根與識不離，而作為疏所緣的眼根（本識的眼根）也還是離識的。由此看來，眼根與眼識「非定即離」（不是一定要離）。如圖（見一六一三頁）。
（五）第五個錯誤是：「立言自許，依共比量，簡他有法差別相違；敵言自許，顯依自比眼識不攝，豈相符順？」（《大疏》卷五）這是說，玄奘用「自許」只是為了說明他的比量未犯「有法差別相違」的過失，並不是自許整個因，而順憬的「自許」卻是自許整個因。玄奘立的因是共比，而順憬的因則是自比，這怎麼能與宗、喻一致呢？
（六）第六個錯誤是：「彼比量宗喻二種皆依共比，唯因依自，皆相乖角。」（《大疏》卷五）這是說，順憬的比量，宗喻二種是共比量，唯獨因是自比量，這就成為兩相反對的了，如兩角對峙。
二、因明入正理論疏評介
《因明入正理論疏》（通行刊本八卷），唐基師撰。
基師（通稱窺基，六三二～六八二）係元魏時尉遲部的後裔，十七歲時（六四八）依止玄奘出家，經過了十一年（六五九）參加譯經，編纂《成唯識論》，並深入研究了因明。但到玄奘去世，乾封年（六六六～六六七）後，他才作《因明入正理論》的註疏，迄於晚年還未寫定，在解釋喻過「能立不成」處（本疏刊本第七卷末）便中止了，以下各段，還是他的門人慧沼繼續完成的。
《因明入正理論》（一卷，商羯羅主造）是玄奘從事譯經的第三年（即貞觀二十一年，公元六四七年）中所譯。因明這一種學問在當時還是極為新鮮的，所以奘門競行學習。過了一年，玄奘又譯出《因明正理門論》（一卷，陳那造），充實了研究資料，於是其時著名的神泰、靖邁、明覺三家的《入正理論疏》便在永徽初年（六五〇～六五二）撰成了，接著又有文軌、玄應、文備、璧公諸師的註解。這些註書各記所聞，並參照《理門論》加以發揮，一時頗為流行。基師的《論疏》就是在這些著述基礎上，抉擇取捨而成的。
基《疏》內容，於解釋《入論》本文之前，有短短的序論三段（本疏刊本卷一）：一、敘所因。略述因明的源流，世親、陳那的著作，本論的緣起，並說到玄奘在赴印途中迦濕彌羅國僧稱（Sam'ghayas'as）論師處開始學習了本論，後在那爛陀寺戒賢（Silabhadra）門下更窮盡了幽微。回國不久便譯出了本論。二、解論名。窺基採取了當時神泰、文備、文軌、靖邁四家之說，加上他自己的見解，一共五釋，未予軒輊。但據其最後所解，以正理指陳那的著作（特別是《理門論》而言），似乎更為合理。本段末尾還解說了本論作者商羯羅主得名的由來，可惜未詳其身世。三、明妨難。解釋對於因明這一名稱的七種疑難，大都是當時存在的異論。
本《疏》解釋論文，大分兩段：第一大段解釋論首總標綱領的攝頌以及隨後詳解的長行；第二大段解釋論末顯略指廣的結頌。首段解釋攝頌中，對於所標出的八門（也就是八義：真似能立、真似能破、真似現量和真似比量）二益（也就是二悟：自悟、悟他），都有簡明扼要的說明，如說真能立是三支具足而且一無過失，真能破有顯過和立量的不同，真現量是定心或散心之照符前境、明局自體，真比量是以共許因成立未許宗能生決定智等，無一非精粹之談。隨後還推論到瑜伽學系論書解說這些義門的沿革。
其次解釋本論長行。因為本論結構還是依據《理門論》以立破為綱，故在真似能立之後接著就說真似二量（這是視二量為能立的工具，所以這樣的安排），再說真似能破，一共六段，和攝頌的順序不同。基師體會這樣的精神，在釋文裏也就偏詳於立破。他解釋真能立的一部分有不少精到的見解。如解三支比量的宗支處（本《疏》刊本卷二初），指出宗依（構成宗支的主辭即「有法」和賓辭即「能別」兩個部分）與宗體（由能別解釋有法所得的整個意義）之應嚴加區別，又宗體在四種悉檀（即普遍的、自宗的、旁推的、隨意的）裏應取第四隨自意樂而建立，不受拘束。又解因支處（本《疏》刊本卷二末）指出因有啟發作用的生因和了解作用的了因，二者又各有言、義、智三方面（合成六因），而就立量悟他來說，因支是應該以言生和智了二因為其實質的。又解喻支處（本《疏》刊本卷三），辨析到異喻用在止濫（即遮止因法通於宗的對立面），無妨用無體之法為喻依。由此再推到三支之有體，無體，應當互相適應（立有體的宗則因喻俱應有體，立無體宗則不拘，見本《疏》刊本卷四）。這些議論雖在其他論書裏（如《廣百論釋》曾談到因法的有體無體等）、舊疏裏（如文軌的疏文曾談到宗依、宗體和四悉檀等）已見其端倪，但作出具體詳盡的發揮，則是基《疏》所獨有。
就在這些釋文裏，基師也隨時糾正各家舊疏的錯誤，最顯著的例子，即是本《論》之解釋宗支，有一句譯文是「極成能別差別性故」（意謂宗是由於雙方共許的「能別」區別了……而成的），文軌等舊疏改作「……差別為性」來解釋，這不但違反因明的軌轍，而且不懂中印語文的規律，貽誤學人，為害不淺，故基師予以嚴厲的譴責而毫無寬假（見本《疏》刊本卷二）。
其次，解釋似能立一部分。此分從本《論》的結構來看，可說是最大特點之所在。因為陳那的著作《理門》、《集量》等論書裏，雖已對於三支過失作了全面的說明，而文義比較散漫而隱晦，《入論》乃加以整理、明確，並有所補充（如宗過的後面四種），於是釐然列出宗九過、因十四過、喻十過，而合成三十三過，又各各舉了確切的範例，使人一目了然，可謂極其精彩（後人學習因明的，也從研究三十三過而入，可收「思過其半」之效）。基《疏》對這部分的解釋，盡了很大的努力，以篇幅言，幾占現存全《疏》的一半（三卷有餘）。他為了明確勘定每一種過失的特徵與其可能運用的範圍，作出種種的分析。如解各過，都舉出全分的、一分的兩類四句（此即以正面對自許、他許、共許而為三句，反面全非又為一句），而勘定其是非（一、三句是過失，二、四句則不然）。另外又在各支過失可以兼備的方面，錯綜排列出所有的句式，以為真似的勘定。以宗過一類為例，九過互具，再加以全分、一分四句的分別，即可演繹出二千三百零四種句式（見本《疏》刊本卷五）。這雖不免過於形式化，但從其可能性上，究極奧蘊，不得不說是基《疏》對於因明理論的一種發展。
既由於三支過失的勘定和所對而言者（自、他、共三方面）有關，基《疏》從這一點更推論到比量之運用於破他、自救，乃至預留防過地步等等，也可在三支上預加限制的言詞（如只是自宗承認的加「自許」，他宗承認的加「汝執」，兩家共認而非泛泛之談則加「勝義」或「真故」等）。把這些預加限制的言詞提了出來，並不成為過失（在護法、清辨的著書裏，此例極多），這樣就有了「自比量」、「他比量」、「共比量」的區別。又在共比量裏，還可擴大因支的範圍，加上自許或他許的部分，以成「自共比」或「他共比」，三支比量的運用乃益靈活而廣泛。基《疏》對於這些用法，一再透辟地闡明其意義，並舉出玄奘在印度時所立「唯識量」和改訂的勝軍「大乘是佛說」量來作為例子而詳加解釋，又對順憬的反對唯識量作了批判（見本《疏》刊本卷五、卷六）。基《疏》在這一方面的發展，對於當時的佛學講論、著述以及理解護法、清辨等論書，均有很大的實用意義。
本《疏》原稿不全，只到解釋喻過的開端為止，以下十種喻過、真似二量、真似能破各段，都付闕如，這是很可惜的。不過慧沼（六五〇～七一四）依據本《疏》的精神，很好地替它補足了。特別是二量部分，《疏》文未及詳說，但另寫了「二量章」，收在《法苑義林章補缺》之內，極便於研究。慧沼補寫的這一部分《疏》文，後來單行，即題名《因明入正理論續疏》（因為有人曾將《續疏》刪成節本，後世也誤會為基師原作《略疏》，其《續疏》不過是添加細註而已。參照內學院校刊本《因明入正理論續疏》卷末校記）。此外，文軌舊疏解釋似能破一段，曾引《理門論》中十四過類一段詳細解釋，也曾被後人誤認為窺基手筆，改題為《因明理門十四過類疏》，刊本單行。
本《疏》內容極其豐富，幾涉及因明全部的問題，因此通稱為《大疏》。其書一出，所餘同類章疏為之晦彩，大半零落失傳。在慈恩宗內，奉本《疏》為圭臬，備致推崇，更不待言。像慧沼，除作了《續疏》而外，還撰有《入正理論義斷》三卷、《纂要》一卷，引申本《疏》之說。其後，智周（六七八～七三三）更對本《疏》作了《略記》一卷、《前記》三卷、《後記》一卷（未全），解釋益加詳細。另有道邑的《記》三卷、清素的《記》三卷，現已散失。又本《疏》從中唐時傳到日本後，講習極盛，著述亦多，其中還保留了不少唐人舊說，足供研究。其流傳後世的主要著述，有善珠的《因明論疏明燈鈔》六卷、明詮的《因明大疏導》並《裏書》九卷、藏俊的《因明大疏鈔》四十一卷、良遍的《因明大疏私鈔》三卷。此外，還有鳳潭的《因明論疏瑞源記》八卷，徵引該博，解釋細緻，尤為風行。又本《疏》解釋因四相違過一段，素稱難解，日人對此也特別研究，另作註書，著名之作有真興的《因明四相違略私記》二卷、源信的《因明論疏四相違略註釋》三卷等。