1藥師如來念誦儀軌一卷
佛一時在維耶離樂音樹下，與大菩薩三萬六千比丘八萬人俱，及十二神王并諸眷屬，天龍八部大神王。在如是等大眾會中，說此法已，大眾皆聞無不歡喜，是名即為結願神呪。即薄伽梵說呪曰：
「南謨薄伽筏帝鞞殺社窶嚕蔽瑠璃鉢喇婆喝囉闍耶怛他揭多怛姪他唵鞞殺逝鞞殺逝鞞殺社三沒揭帝娑婆訶」
若有受持此真言，能拔身中過去生死一切重罪，不復經歷三途，免離九橫超越眾苦，十方世界隨處安樂，自在無礙法應如是。若善男子善女人等，受持讀誦是真言者，日夜精勤香湯洗浴著新淨衣，持諸禁戒如法，誦滿真言十萬遍已，就清淨處如法治地，以淨土築令平，以淨牛糞和檀香塗圓壇，以種種雜寶莊嚴壇。安中心一藥師如來像，如來左手令執藥器，亦名無價珠，右手令作結三界印，一著袈裟結跏趺坐，令安蓮華臺。臺下十二神將，八萬四千眷屬上首2令。又令須蓮臺如來威光中令住日光、月光二菩薩。如是壇四方周匝五色，近前安置二閼伽器、商佉、瓦器，隨意受用奉獻承事尊像。像前念誦四十九日間，若三七日，畫像壇四角安置賢瓶，如是晝夜七日內，誦呪數滿百千萬遍，所求從心無量獲果報。除不至心，法應如是。所有利益說不可盡，其餘功能窮劫不可說。
復次說藥師如來根本印。以左右手頭指以下八指，反叉入於掌，以二大指來去。呪曰：
次說閼伽印。以二手掌捧器頂戴。真言曰：
「南莫三曼多沒馱南羯羯哞三摩三摩娑婆訶」
次花座真言印、次說塗香印。二手合掌，二頭指、二大指端合如彈指。真言曰：
「南莫三曼多沒馱南巘吐羯羅耶娑婆訶」
次說花印。二手合掌，二小開末。真言曰：
「南莫三曼多沒馱南沒社華娑婆訶」
次說燒香印。二手合掌山屈。真言曰：
「唵那謨仡羅仡羅曼拏微灑曳尸并寧娑婆訶」
次說花座印。二手背合以右腕押左。真言曰：
「唵社皤羅娑蒲悉什皤羅末吒阿」
次說普供養印。二手金剛合掌。真言曰：
「南莫三曼多沒馱南唵阿凡賀布灑摩尼娑婆訶」
次念誦、次說發遣，以禪智指取花投壇中方。真言曰：
「南莫三曼多沒馱南阿蘖磋蘖磋娑婆訶」
是法印呪，能滅一切苦惱。若有人等，多諸罪障，及諸婦女，願欲轉禍，依教作藥師像一軀，寫藥師經一卷，造幡四十九燈，作七層形如車輪，安置像前。五色作索，以印3柱之。四十九結繫彼人身，又轉藥師經四十九卷，所有罪障皆得解脫，壽命延長，不遇橫苦，即得安穩，鬼神之病并即除愈。
若欲降伏惡人者，作印以嗔心誦一百八遍遙打，一切外道破滅。
若人患心病者，加持青木香塗心除愈。
若人患腫黃者，加持欝金香一百八遍塗除愈。
若人欲遠去怨家，加持苦練子一百八遍，一呪一燒投火中燒，其人即遠去。
若患身體支節痛，呪湯水一百八遍，洗浴即得除愈。
若人每日早朝，以水一掬呪七遍飲之，在身所有惡報悉得消滅，何況無諸災厄者，及諸三業苦亦得除愈，并得壽命長遠。
若呪飲喫者，一切諸毒不能為損。
若見惡人及有怨家，當須念誦此呪，所有怨家起惡心者當皆降伏，惡心即滅，慈心相向。有恐怖處，當須攝心念誦。
若欲臥時，當誦此呪一百八遍，即得好夢善知吉凶。
若人或患瘧病，持此呪者視患瘧人，切誦此呪一千八遍，其患即除愈。
藥師如來念誦儀軌一卷