1論結，文二：初、正結。疏 無明根本等者，揀非枝末故。以依無明力而任持，託業識心而安住，故下文云：以有無明染法因故，即熏習真如，以熏習故則有妄心，以有妄心即熏習無明，不了真如法故，不覺念起，現妄境界等。故云由此而成也。現識等者，等下六麁皆是所現色心境界也，故一切境由此住持。若無明等者，以依無明故有妄心，依妄心故現妄境界，所以無明未盡，心境不滅。如風未息，波浪不滅。離心無體者，皆從心起，非外來故。即心無體者，所起之法同能起故。鏡喻兩意，如法可知。
論 唯心下，釋成，二：初、正釋。疏 虛妄現者，妄念熏真，起諸虛妄法故。亦可此文是結前諸法無體所以也。此中二意：一唯心故、二處妄故。如前鏡像，一體同鏡故、二體不實故，由斯諸法無體可得也。
論 以心下，二、轉釋。疏二：初、解文，三：初、略標意。反驗等者，反釋上文心現之義。法既隨心生滅，當知法從心生，生法皆妄也。
此中下，二、別解文。初明生義，即指前段論文也。此則下，顯意，非謂心是能生、法是所生，以真心隨熏，全體成動而作諸法。如金生器等，故云生也。若無明下，顯滅義，即下文因滅故緣滅等也。此則下，明意也，明此心體反本還源，獨顯性淨，故云心滅。此但心中無其妄動，寂故名滅也。故疏云：心源還淨，故云滅也。此約真心顯生滅義。若約妄心說者，即業、轉二識名之為心。斯則妄心於真心中若生若滅，真心不生滅也。如前文示，相續心滅，智性不壞，如波相滅，濕性不壞。如上約真約妄，雖皆有生滅之義，究實而論，皆妄有生滅，真無生滅也。
既心下，三、總結。釋上文無體義也。以上云一切法如鏡中像，無體可得，故此結成。
問上說下，二、釋妨。問意云：前明九相生滅，後即結云：當知無明能生一切染法，以一切染法皆是不覺相故。今文復云：唯心虛妄，心生法生、心滅法滅。二文不相遠，何以頓爾不同耶？答下，意云：前辨生滅，單就不覺說故，結過屬無明，以功在不覺故。今此下，明今文意，意明此文具說真如為因，無明為緣，由此因緣道理和合，成就色心諸法。既屬因緣，遂令諸法無性之義顯然可見，真如隨緣不住之理煥然明矣。彰，明也。故結下，既明和合本因真如隨緣成和合義，今結屬心，正其宜也。如水初動，功在於風，故前文中結屬無明；動無別體，則全屬於水，故此文中結屬心也。故不可言波無別體，而唯屬於風。法理亦然，如喻可知。
一、辨麁。疏 此生下，明此意之識是前第五相續識之所生，故名生起識。然無異體，但約麁細而分二別，故云同是一識。若更細論，亦即是前智識也，以同依境界之所起故。今不指此而偏指相續者，以是意識親所依故。但前下，對前辨異，以相續識是法執分別，望於我執見愛，此名細惑。又約能生依止義邊，說之為意。此中下，明今義，謂依前細相之上生起此麁分別識，此識與人我、貪瞋見愛、麁惡煩惱相應，故下文云：此識依見愛煩惱增長義故。即就所起義說故，云從前起門，即是執取計名也。以是分別之中麁分別故，名為意識。意之識者，依於五意所起之識，故本疏云依意之識，依主釋也。
簡非聖者，即二乘及地前菩薩也。此二種人已能遠離意之識故，故約凡夫以顯麁也。又以五意亦名意識，恐有所濫，故此約人揀之。其實五意名識，是持業釋，故不同此。無對治等者，謂無始覺觀慧也。二乘三賢得人空觀，既無取著，當知凡夫取著深者，蓋無觀慧也。其猶重病既不與藥，厥疾寧瘳？
惑體。論 計我我所者，正釋取著之相，由計我及我所，故名為深。疏 心外計境者，此是法執，屬前智相及相續相。亦復等者，正是此識，屬於我執。即蘊謂凡夫所執我，但通執自五蘊為主宰故。離蘊即外道所執神我，然有三宗：一、數論，計我體常而量周遍，猶如虛空。二、勝論，計我體常而量不定，隨身卷舒，猶如牛皮。三、無慚，計我體常，猶如微塵應於根門。如是眾多，故云種種。
依緣。疏 但緣倒境者，如執苦為樂，不淨計淨，無我計我，無常計常等，故云倒境。不了正理，謂不知無我等也。故《金剛》云：凡夫之人貪著其事。
立名。疏 此論等者，謂於一意之識中，分出眼等五識，兼本成六，以對六塵。然前相續智識亦緣六塵，以彼不與愛見相應，故屬前意也。故前云：六麁屬意識故。依六根等者，謂依內六根發於六識，緣外六塵，斯則聚緣內搖，趣外奔逸。既以一為六，即分離義也。如《佛頂經》云：元依一精明，分成六和合。又能下，以此意識遍緣一切，通三量故，假實俱緣。如前云：能令現在已經之事忽然而念，未來之事不覺妄慮。內外者，內根外塵色心諸法，亦即計我我所也。
所依。疏 見一處等，五住地中之一數，此是三界分別麁惑。迷理起者，同於見道處斷，故名見道惑。欲色有三愛，即三界俱生細惑。迷事起者，於修道位中所除斷，故名修道惑。以此等者，謂以此見愛煩惱熏於第八，令彼識中第六種子有增益生長故，即起現行也。上六下，類攝。然執取計名正當此識，起業一相是此所生，總別報業是此識造。今約所造從能造說，亦是此識所攝，故云相從入也。六染之中合此二相以為一染，正當此識。
標歎，二：初、牒上所說。疏 牒上等者，上云：謂無明力不覺心動故，謂心與無明和合，起成業等三細也。
論 非凡下，依位別歎，三：一、凡小非分。疏 凡小非分等者，凡夫尚不知意之識，況此三細耶？二乘方覺事識中麁分，尚不覺細分，正認三細以為涅槃，以是無明所起之識，非其境界也。於五住地中但覺前四，是前見愛所增長識也。若根本無明是第五住，非彼所覺。
論 謂依下，二、菩薩分知。疏 十信等者，謂此菩薩雖位在外凡，而能信教，了知本識因緣所生，無有自性，決定無體，唯是真如，方成正信。故下說十信菩薩信真如，及修真如三昧，以成正信之行。因果體者，因即無明，果即本識三相也，體即真如也。三賢等者，異前位之信、殊後位之證，故言觀察。比觀者，既未親證，但比度觀察，即相似覺也。論 證法身，即初地已去，究竟即十地，乃至之言攝於中八，隨分覺故不能盡知。然初地且約破法執，故說為少知。若克就識論，八地方覺此識現相也。
論 唯佛下，三、唯佛窮了。疏 四相俱了者，以覺前者則不覺後，覺後者必能覺前，是故此中通言四相，故前云：若得無念者，則知心相生住異滅。
一、徵。疏 緣起妙理者，真如為因，無明為緣，起成諸識。斯則性起為相，是不思議微妙理趣，故云妙理。問意可知。
即淨而染。疏 因，即梨耶心體，是其覺義，即不思議變者。緣者，即根本無明，是不覺義，即不思議熏者。論 染心，即業等諸識，以於不可熏變處而熏變故。不染而染者，不染即前自性心體，非是染法，以不守自性故，隨熏成染。故下云：真如之法實無於染，但以無明而熏習故，則有染相。
常淨。疏 即染等者，雖隨熏成染，其體常淨，如鏡現穢，其體不動。斯則正由不動而得隨緣，正由隨緣顯得不動。
結難測。論 唯佛知者，欲言其淨，則九相紛然；欲言其染，則一味無變。若非佛智孰能知焉？自性心難了者，以能隨緣成染故。所染難了者，以即染而常淨故。言甚深智者，即八地已上，以覺轉現，少分而知。然從初地亦得少知，以證真故，故前云：若證法身，得少分知。
顯不變。論 常無念者，無念即覺義。既常是覺，即無不覺。無不覺故，名為不變。疏 雖舉等者，如杌不作鬼、繩不為蛇、東處無西等。緣起因體，即前自性淨心，是此緣起體也，故云心性。
此顯下，疏二：初、釋心不相應。此明無明之體初起微細，未分王數、心境之相應故。又此無明是全性之惑，故加心字。又亦可此惑是與真心不相應之法，如前云：從本以來，不與妄染相應故。今以不如實知故，忽然而起，說此以為根本無明也。
唯此下，二、釋忽然念起，三：初、正釋今義。是諸染法始起之本故，故約忽起，以表其先也。
如纓下，二、引經證成。四住前使者，即無明使也。無法起者，意顯無明使外，別無有法為能起無明之本也。
是則下，三、會彼同此，二：一、正會，如文。
此約下，二、結揀。意明無前之忽然，非有始之忽然也。言無前者，以此無明最微細故。更無有法前於此者，前即始也。由無始起之本故，故說忽然。故本疏云：以起無初。故肇公云：「如鏡忽塵，如空忽雲。」即斯義也。
標中，論 染心者，以上云：無明所染有其染心。今釋此相，有其六種差別不同也。
然此下，疏二：初、敘意。逆次配者，以前說隨流生起，故從細至麁為順次。今明反流除斷，故從麁至細為逆次。前取近理為先，今取易斷為先也。由此下，配第一染，以二乘三賢同斷此故。便借下，將前科此，免更會同，誠為省要。
二、釋文，論分六段。今初，二：初、障。疏 是六下，據用科名，合無此說。今此重對者，為通前類攝故，此即九相中二相。見愛等即五意中意之識，麁分別即異相也。但麁下，釋此別名，外執於境，與境相應；內起見愛，計我我所故。污其下，釋此通名。淨行即真如根本智也，此智有二：一人空智、二法空智。此智不起者，由染心有力，為能障故，故名為污。若漸修此觀，觀成智起，即翻染心，故名為治。斯則敵體相違，故成治義。然此以對始覺名染義也。若據論意，則約對本覺之淨以明其染，故前文云：是心自性清淨而有無明，為無明所染，有其染心也。問：障染何別？答：體雖無別，名義有殊。障則對治覺立，如下文云：能障真如根本智故。染則對本覺立，如前引文：是心自性清淨等。
論 依二乘下，二、治。疏 無學等者，此是見等四住煩惱，辟支、羅漢悉能離故。
疏 十解下，二：初：約三賢以明行位，二：初：正顯行位。據此則三賢菩薩同受此名，以皆不退失故。
故地下，二、引論證成。無著論即《金剛論》，彼論三地，謂信行地、淨心地、究竟地。
疏 此菩薩下，二、對二乘以顯斷惑，又二：初、覈劣以明麁惑，二：初、表異凡小。得人空者，以此菩薩得此觀故，能伏現行，不同凡夫；然於種子不盡除滅，不同二乘。言隨眠者，種子異名，謂隨逐有情，眠伏藏識。今此論中約現行說，名為遠離，非約種子。攝論下，引證。上心則現行也。二意者，留此惑種潤於故業，受分段身。修習種智，斷所知障，即自利也；兼俯就群品，攝2化利益，即利他也。若不留惑種，即同二乘獨出三界，二利俱失也。故《圓覺》云：菩薩示現世間，非愛為本，但以慈悲令彼捨愛，假諸貪欲而入生死。問：菩薩既留惑種，後起現行，受分段身，與凡夫何異？答：前引《圓覺》足辨其異。雖留惑種，受分段身，以有智故終不起過。假此分段為所依故，廣修種智及行大悲，終不令此起於新業。如禁蛇法，雖不令死，亦不噬人，故《攝論》云：煩惱伏不起，如毒呪所害。留惑煩惱至惑盡所3知，證佛一切智。
疏 此約下，二、揀定權實。初地下，約頓悟說，謂此菩薩在地前時，以二空觀雙伏二障分別，至見道位，種現俱斷。從此位去，若智增者，便伏煩惱現行，至佛方斷；若悲增者，故意令生，極至八地現行方伏，留隨眠惑以助願力，化利眾生。今此論中約生起時，一向竪說，及至斷時從麁至細，故在地前已除我執俱生分別，至登地時唯斷法執分別。二地已去，秖斷法執俱生，更無煩惱。不同彼教，橫說二障種子在第八中。良以權實教異，與此相望，校一僧祇。學者要知，須明彼教。然智解可以旁通，起行須依了義，冀諸學者審而詳之。言如餘論者，即《瑜伽》、《唯識》等廣明。
今此下，二、超勝以除細執，三：初、正明。以是實教菩薩，從初正信便達真如本有、無明本空，隨順無念，於此地前能修法空真如三昧，自然令彼法執不生，伏於無明與真相應，故云分斷，但伏故名斷也。
故此論下，二、引證。不了一法界義即無明也。下說發直等三心，修無住等四方便，及施等六度，皆是此也。
今但下，三、結意。以是約執取人，非約人明執，故不論也。
二中，一、障。疏 但執下，即是法執相續生起不斷故。前云相續，今云不斷，其義一也。
論 依信下，二、治。疏 十解等者，謂從三賢位中觀察尋伺，分斷此染，直到初地方能全離。修唯識觀，即資糧位中習行順解脫分。尋伺方便，即加行位中習行順決擇分。初地即見道位，無漏智火燒煩惱薪，通達佛法，名歡喜地。三無性者，謂遍計相無性、依他無自然性、圓成無前遍計我法之性，故《唯識》云：初即相無性，次無自然性，後由遠離前，所執我法性。遍滿真如者，即遍行真如。所言遍者，《唯識》云：謂此真如二空所顯，無有一法而不在故。所言證者，以無分別智契無差別理，能所兩亡也。故《唯識頌》云：若時於所緣，智都無所得，爾時住唯識，離二取相故。法執等者，由修習唯識觀故，至此成就無漏智相分得現行，由是此執分別永得除滅。
三中，障。疏 以能下，釋名，可知。法執修惑者，所知障中俱生之分，以修道所斷，故名修惑。
治中，疏 七地等者，以此地已還，法空觀有間斷，有相有功用，遂於染淨境界未免分別。然從二地已來，分分除斷，故云漸也。八地下，釋得離此染所以。以若殘此染，則不登七地，豈況至八？故至七地門中都盡此染也。以二地下，釋二地名，謂攝律儀、善法、眾生三聚具足，以遠離微細破戒垢故，名離垢地。準《華嚴》說，十地如次修十波羅蜜，此即正當戒波羅蜜。餘地非不持戒，以約增勝說故。以七下，釋七地名。斯則八地名無相，七地名方便，謂與無相地作方便故，斯則無相之方便也。以八地下，轉釋，可知。
四中，障。疏 根本下，則無明動心，成業轉現相，現相即境界也。此義前已頻說，故疏但舉初後。
治中，疏 以八地等者，以色自心生故、心能變色故，由是能毛容剎海、芥納須彌，色心不相妨、自他無分隔也。《本業經》云：所謂無相大慧，方便大用，無有色習，無明亦盡。百萬劫事、無量佛土事，以一念心一時行，現如佛形，現一切眾生形。以一念心中一時行，已無功用故。三世間自在者，謂此菩薩觀此三種麁細之色，無不通達，無分別智任運相續，相用煩惱不能動故。以色下，舉下位以反釋，意云：七地已前現識不亡，既色不自在；今得自在者，蓋現識亡也。然於七地觀斷，至八地盡，前後皆然，學者應知。
五中治，疏 善知下，於他心得自在。十種稠林者，《華嚴》云：此菩薩以如實智慧知眾生，一心稠林、二煩惱、三業、四根、五解、六性、七樂願、八隨眠、九受生習氣相續、十三聚差別。一一皆云稠林者，此等諸法稠密如林，故以喻之。《淨名》云：善知眾生往來所趣，及心所行。此歎九地菩薩。《本業經》云：一切功德行皆成就，心習已滅，無明亦除也。又以下，明於自心得自在。四十無礙智者，準《華嚴》說，有十種四無礙智。四者，一法、二義、三詞、四樂說。十者，世親判為十相：一自相、二同相、三行相、四說相、五智相、六無我相、七業相、八因相、九果相、十住持相，一一具四故成四十。廣如彼說。有礙下，結所離之染也。起即不自在故，如前經中心習已滅也。
六中治，論 菩薩盡地者，即菩薩究竟地也。如前云：乃至菩薩究竟地。有本多云地盡，義亦有在，不如地字在下義順，以前後皆結云地故。此即第十地，如來即妙覺，斯則從九地觀斷，佛地方盡。無垢地即如來地，與十地終心竟無有異。然《本業經》中，4自等覺為無垢地，此即別開；今此所明，等、妙二覺合為一位也。
辨無明等者，如上六染，但是無明所起之法，今已分配因果諸位明斷竟。然上云不達一法界故，名為無明，未知此使依何位人能遠離耶？故今辨之。
疏 麁者，枝末無明，從初地漸離，至5七地方盡。細者，根本無明。此即下，上說自性清淨心為無明所染，有其染心，當知無明是染心之所依，染心是無明之所起也。上云者，即智淨相。然此六染之中各有二分，一分屬於無明、一分屬於染心，以皆有和合及相續義故。但約與前和合，迷執不改，即是無明；約展轉起後，相續不斷，即是染心，由是地前便有斷無明義也。今言初地方離者，以約破法執位明斷義，不乖諸說，故標此位也。今無明下，明生起時，義說前後，以論因緣和合義故。若除斷時，則無前後，以能依所依不相離故。
釋相應等者，以上六染中有相應不相應言，此義未顯，今則顯之。論二：初、標也。疏 皆麁心者，以是前六緣總別相，行相麁顯故。依境下，既依境生，則與境為相應也。
論 謂心下，二：初、約法辨異。疏 心謂下，約王數釋。心王即前六識心王，心所即遍行等六位心所。然六識中心所多少不同，今此論中總名念法，亦可此文舉一蔽諸，故言念法，即別境之一也。迦栴下，引證，即通指心所俱名心所念法。然論王、數相應，總有五義：一同所依根；二同緣一境；三同一行相，謂同作青等解；四同一心事，王所各一體故；五同一時，王所同一剎那故，由是故得相應。又心下，約心境釋，可知。所依等者，識依此境所引生故，又是彼識所分別故，以有此染淨為所依故，遂起心王、心數令相應也；以有此境為所分別故，遂與能分別為相應也。
論 而知下，二、正顯相應。若心王下，約王、數釋同義。如師往資隨，其事不異。然雖云王數相應，理須約境以辨。能知同者，此體有二，以相應故名為同也。所緣同者，此唯一境，以望王數，故名同也。斯則能所雖皆云同，而同義有異也。又於下，約心境釋同義，此即心隨於境名之為同，同即相應也。
論 不相應下，二：初、標也。疏 無明者，以前云不達一法界故，心不相應，名為無明等，故今指也。
論 即心下，二、釋，疏二：初、約王數釋，論二：初、顯無別異。疏 即此等者，心是真心，由動故成不覺，不覺與覺一體無異，故云即也。尚無覺不覺異，豈有王數耶？
論 不同下，二、正遣相應。疏二：初、正釋翻前義。既無等者，如單己一人，與誰為同？故無相應義也。
以此下，重釋前即義，三：初、正釋。然前說不覺即動心，今說染心即不覺，有斯異耳。
上文下，二、引證。既展轉相即，動無動相，元即靜心也。
非是下，三、揀濫。此中言不相離者，以染心即不覺故，非謂有於王數相應而言不離，以相應、不離二義別故。下文引證，是下生滅相中文。此文雙證二義：一證不相離義、二證不是相應義。在文可見。
二亦下，約心境釋，二：初、正釋前義。謂此無明等者，意云：染心即無明，無明是不覺，不覺依於覺，覺即是本心，都無外境相應，故云即心不覺。此言即心，亦即本覺真心也，亦可通於真妄二心，如文易見。揀相應者，既無境為相對，約何以明相應耶？
此不相應下，二、指陳違妨。以相宗說此第八識有遍行心所，又與器界外境相應，仍不說有覺義故。和會如別說者，尋檢其文，未見所出。今且略會二宗所說者，如法相宗說，第八識能緣三境，以彼秖據現在成就位中橫說八識，不明根本始起元由，但言一切眾生法爾皆具八種識，從自種生，皆能緣慮自分境界。以同是識了別義故，故能緣境。又說此識從自種生，雖從自種，而假境為所緣緣故，方得生起，故須緣境。雖能緣境，微細難知，不同前七執我、執法。今此論中，竪說諸識迷真所成，從細至麁不說種生，故第八識但有生境之功，而無緣境之義。以從無明內熏習起，非外境界牽故令生，故經說為流注生滅者，是此內起也，由是故無緣境之義。
今若會彼同此論者，彼宗既言此識緣境微細難知，當知密同今論之意。以彼宗說從種生故，同是識分，不得不說緣境界也。又若會此同彼說者，此論所明前六緣境，即是第八麁分功用，由於境界熏彼本識，起此分別。斯則本識有緣境義，以是麁故，隔為事識，不名第八。又彼宗說第八心王有遍行五心所相應者，由說此識能緣境界，是故有6王心所相應。如正緣境時，須有作意，能警其心，引心趣境。以趣境故，根、境、識三分別變異，令心觸彼。以觸境故，四種和合，領納違順。以領納故，於境取像，施設種種名言之事。以取像故，遂令其心造作驅役。此五皆由緣境故得，是故第八有五相應。今論既不說此緣境，亦無心所與之相應，故不同彼。又彼宗中不說第八生起元由從真起妄，但據現在成就位說，故無覺義。然亦說有無始本有菩提種子，而不即是本覺真如，以未了故，且隱密說。今論所明，依如來藏有生滅心，以迷覺故，成於不覺。雖成不覺，覺性不變，故有覺義。以依實教顯了相說，故不同彼。若彼已說有覺義者，如何彰此二教淺深？學者應知。
舉上染心等者，舉上六染之心及無明，對於所障之境，束為二礙。以一切障染不離二種，所謂煩惱及以所知。今此染心及以無明二障分別，如何收攝？故此明之。
標立，論二：初、惑障，二：初、標法定名。疏 六染心7者，各取於中一分相續義。故以此一分喧擾動亂不寂靜故，名為煩惱。
論 能障下，二、顯其礙義，疏二：初、釋文。照寂下，釋所障智名，復名真智、證體智、實智等。以能證如實理，故名如理智。能生後得，故名根本智。上文下，出所障智體也。染心下，釋成礙相，並可知。
今此下，二、通妨。或問曰：「如諸處說，依於二執起於二障，與此何別？又前秖將六麁前四以配二障，何故此中六染俱名煩惱耶？」故此釋之。彼依二執起二障者，依五意上起所知，意之識上起煩惱。今此則以染心所依無明為所知，能依染心為煩惱，故不同也，應知。若約二執說二障即局，此依染心說二障即通，有斯異也。
無明下，二、智障，二：初、標法定名也。疏 根本無明者，若取諸識中之一分，亦兼枝末。以末從本，故作此標。
論 能障下，二、顯其礙義。疏二：初、釋文。後得下，釋所障智名，復名偏智、俗智、權智等。以根本智證真如，後方得起，故名後得智。如其事量而知，名如量智也，即上下出所障智體。以無明下，釋其礙相。從所障得名者，智之礙故，依主釋也。不同煩惱即礙，是持業釋。
此明下，二、通妨。或問：「此言自然，與外道自然何別？」故此釋之。此以無心應物，任運現化為自然，不同外道無因果之自然，斯則言同而義異也。
煩惱中，疏 先問等者，約麁細以成難也。秖合細法障細法、麁法障麁法，方是其宜，何故不爾？前二染者，以業相微細，未分能所，欲成礙義，難見相違，故今偏約轉、現二相以酬前難。然雖不言，意亦含攝，以依動心說能見故，可以意知。前三染即分別智，已前三者皆是事識，故依境起。以此等者，以理智無能所，染心有能所，敵體相違，故成礙義。
智礙。疏 所迷法性者，此是即真之俗，故常靜無起。無起即真，故云法性。故前文云：一切法離言說相，乃至無有變異，不可破壞，唯是一心等。不了等者，正釋違義。法性寂靜而無明起動，動靜相反，故成違義。正釋等者，本疏云：以內迷真理，識外見塵，故於如量之境不能隨順種種知也。如人動目，天地傾搖，故不能得如實知也。然前則約麁細而難問，今則約相違而通釋也，故下文云：無明頓盡，名一切種智。如下論釋。8
起信論疏筆削記卷第十二