一切諸佛，愍念眾生，為說藥師，道場懺法，今當歸命，一切諸佛。
- 南無毗盧遮那佛
- 南無本師釋迦牟尼佛
- 南無藥師琉璃光如來
- 南無無量壽佛
- 南無盡十方遍法界過去一切諸佛
- 南無盡十方遍法界現在一切諸佛
- 南無盡十方遍法界未來一切諸佛
- 南無藥師琉璃光如來本願功德經
- 南無日光遍照菩薩
- 南無月光遍照菩薩
- 南無文殊師利菩薩
- 南無觀世音菩薩
- 南無得大勢菩薩
- 南無無盡意菩薩
- 南無寶曇華菩薩
- 南無藥王菩薩
- 南無藥上菩薩
- 南無彌勒菩薩
- 南無消災障菩薩
- 南無增福壽菩薩
- 南無樂音樹下三萬六千菩薩
- 南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
- 南無救脫菩薩
禮諸佛1已，次復懺悔。弟子某等，普為四恩三有，及法界一切眾生，悉願斷除三障，歸命懺悔。我與眾生，無始來今，由愛見故，內計我人，外因惡友，不隨喜他一毫之善，惟遍三業，廣作眾罪。事雖不廣，惡心徧布，晝夜相續，無有間斷。覆諱過失，不欲人知，不畏惡道，無慙無愧，撥無因果。如斯罪障，未經懺悔。我於今日，對十方佛、藥師如來，深信因果，生重慙愧，生大怖畏，發露懺悔，斷相續心，發菩提心，斷惡修善，勤䇿三業，翻昔重過，隨喜凡聖一毫之善。念藥師佛，有大願力，能救拔我，出二死海，置三德岸。惟願慈悲，哀憐攝授。各各志心，歸命頂禮。
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禮諸佛2已，次復懺悔：弟子某等，自從無始以來至於今日，所有貪瞋嫉妬之病、憍慢自傲之病、不識善惡之病、不信罪福之病、不孝五逆之病、破辱三寶之病、不修齋戒之病、破犯尸羅之病、自讚毀他之病、貪得無厭之病、迷聲逐色之病、貪香愛觸之病、信邪倒見之病、躭婬嗜酒放逸無度之病，設復遇醫授與非藥之病，及無餘量災難陵辱、悲愁煎逼、身心受苦之病，欲令是等病苦消除，所求願滿。爾時，藥師琉璃光如來入三摩地，名曰除滅一切眾生苦惱。既入定3已，於肉髻中出大光明，光中演說大陀羅尼曰：
南無薄伽伐帝鞞殺社窶嚕薜琉璃鉢囉婆喝喇闍也怛他揭哆耶阿囉訶帝三藐三勃陀野怛姪他唵鞞殺逝鞞殺逝鞞殺社三沒揭帝莎訶
爾時，光中說此呪4已，大地震動，放大光明，一切眾生病苦皆除，受安隱樂。是知懺悔之功，諸病心瘳之靈劑，了生脫死之奇方。有：
大醫王！應病設藥，所謂慈、悲、喜、捨是藥，忍辱柔和是藥，正信三寶是藥，勤修福慧是藥，六波羅蜜是藥，飽飡甘露是藥，貪求法味是藥，修真養氣是藥，返本還元是藥，有過能改是藥，善巧方便是藥，不動聲色是藥，清心斷慾是藥。常用如是等藥，擣篩和合，時取服之。眾生若病，應同一病；眾生須藥，應同一藥。若說多法，是名顛倒。若據一乘實相而言，則何增、何減？何垢、何淨？何善、何惡？何罪、何福？何病、何藥？觀昔方便，如夢中人夢身患病，求醫服藥而得除愈；及其夢醒，則悟本來無病。無病亦無，而況醫藥？故眾生之病同一幻病，如來之藥同一幻藥。故知如來說法，一相、一味，所謂解脫相、離相、滅相，究竟涅槃，終歸於空。如一雲所雨，而藥樹大小各得滋茂。我等今者蒙佛恩力，得聞。
世尊！藥師琉璃光如來名號，不復更有病苦之難，乃能究竟無上菩提。是故今日我等相率皆同一心，乃至盡形歸佛、法、僧，今當歸命一切諸佛。
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- 南無本師釋迦牟尼佛
- 南無藥師琉璃光如來
- 南無無量壽佛
- 南無盡十方遍法界過去一切諸佛
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- 南無藥師琉璃光如來本願功德經
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- 南無無盡意菩薩
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- 南無消灾障菩薩
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- 南無樂音樹下三萬六千菩薩
- 南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
- 南無救脫菩薩
禮諸佛5已，次復懺悔。若有眾生，欲脫病苦，當為其人，七日七夜，受持八關齋戒，應以飲食及餘資具，隨力所辦，供養苾蒭僧。晝夜六時，禮拜行道，供養彼世尊藥師琉璃光如來，讀誦尊經四十九遍，燃四十九燈，乃至四十九日，光明不絕，可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。是故今日，與現前眾等，各各翹懃，燒香散華，燃燈造旛，放生修福，令度苦厄，不遭眾難。惟願如來，證明懺悔。某等又復無始以來，至於今日，凡有所為，皆不稱意。當知悉是過去6已來，惡業遺報所致。是故今當勤求懺悔。懺悔人間惡夢惡相，諸不吉祥之報。懺悔人間惡病，連年累月不瘥，枕臥牀席，不能起居之報。懺悔人間冬瘟夏疫，毒癘傷寒之報。懺悔人間水火盜賊，刀兵危險之報。懺悔人間為被獅子虎狼，毒蛇惡蝎，蜈蚣蚰蜒，害人之報。懺悔人間生老病死，憂愁苦惱之報。懺悔眾生身語意業，造作增長，種種惡業之報。懺悔眾生當墮三惡趣中無量千歲受諸劇苦之報，懺悔眾生應以地獄、傍生、鬼趣流轉無窮之報，懺悔眾生不復更生諸餘惡趣之報，懺悔眾生為人奴婢、受他驅役之報，懺悔眾生或作牛馬駝驢、恒被鞭撻之報，又常負重隨路而行、飢渴逼惱之報，懺悔人間厭魅蠱毒、飛屍邪鬼、偽作妖異之報，如是現在未來人天之中無量禍橫災疫、死難衰惱之報。眾等今日至誠向藥師佛、海會聖眾求哀懺悔，願皆消滅，前7已究竟是病是藥同歸一幻惡業所致一切報障，今當次第發願回向。某等願以此懺悔三障所生功德悉皆回向，施與一切眾生俱同懺悔，願與一切眾生從今以去乃至菩提，念生死苦發菩提心，改惡修善返邪歸正，身心安樂妙算無窮，衣食豐饒家屬資具，倉庫盈溢形相端正，聰明智慧勇健威猛，諸將擁護佛聖匡扶，凡所施為悉希。
慈蔭弟子某等，又願從今以去，速證菩提，相好光明，莊嚴殊勝。願諸眾生，蒙光開曉，隨意所趣，作諸事業。願諸眾生，皆得無盡，所受用物，無所乏少。願諸眾生，建立大乘，悉令安住菩提道中。願諸眾生，得不缺戒，設有毀犯，還得清淨。願諸眾生，端正黜慧，諸根完具，無諸疾苦。願諸眾生，眾病悉除，家屬資具，悉皆豐足。願諸眾生，轉女成男，具丈夫相，乃至菩提。願諸眾生，出魔羅網，解脫一切外道纏縛。願諸眾生，王法所加，悲愁煎逼，皆得解脫。願諸眾生，飲食飽足，後以法味，畢竟安樂。願諸眾生，如其所好，種種衣服，隨心滿足。願諸眾生，長壽富饒，官位男女，凡有所求，一切皆遂，令諸世界，百怪九橫，八難三災，他國侵擾，盜賊反亂，一切惡難，盡皆消滅，國界安隱，風雨順時，穀稼成熟，一切有情，無病歡樂，菩提行願，念念增明，救苦眾生，常如8己想。又願生生世世，在在處處，不墮邊鄙，生正信家，相貌端嚴，智慧辯才，遠離惡法，親近善友，堅持律行，安立大乘。又願生生世世，在在處處，興顯佛法，破諸魔網，奮志滿修六波羅蜜，廣修供養，福慧莊嚴，忍辱精進，證菩提道。我等今日，應當念報。
藥師琉璃光如來恩德，常應如是利益安樂一切有情，是故志心歸命頂禮。
南無薄伽伐帝鞞殺社窶嚕薜琉璃鉢囉婆喝喇闍也怛他揭哆耶阿囉訶帝三藐三勃陀野怛姪他唵鞞殺逝鞞殺逝鞞殺社三沒揭帝莎訶
東方端坐，無上醫王。十二大願妙難量。滅罪殄災殃降福，垂祥增益壽綿長。
- 藥師佛
- 藥師佛
- 消災延壽藥師佛
- 南無消災延壽藥師佛
如前起佛偈，遶壇念佛迴向。
消災延壽藥師懺法卷中