三世諸佛，愍念眾生，為說藥師，道場懺法。今當歸命，一切諸佛，
- 南無毗盧遮那佛
- 南無本師釋迦牟尼佛
- 南無藥師琉璃光如來
- 南無無量壽佛
- 南無盡十方遍法界過去一切諸佛
- 南無盡十方遍法界現在一切諸佛
- 南無盡十方遍法界未來一切諸佛
- 南無藥師琉璃光如來本願功德經
- 南無日光遍照菩薩
- 南無月光遍照菩薩
- 南無文殊師利菩薩
- 南無觀世音菩薩
- 南無得大勢菩薩
- 南無無盡意菩薩
- 南無寶曇華菩薩
- 南無藥王菩薩
- 南無藥上菩薩
- 南無彌勒菩薩
- 南無消災障菩薩
- 南無增福壽菩薩
- 南無樂音樹下三萬六千菩薩
- 南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
- 南無救脫菩薩
禮諸佛1已，次復懺悔。弟子某等，上來既懺悔2已，應生無垢濁心、無怒害心，於一切有情起利益安樂、慈悲喜捨平等之心。於是3斂念正觀，不斷結使，不住使海，觀一切法空如實相。云何名觀一切法空？行者諦觀現在一心、妄心，隨所緣起。如此之心，為因心故心？為不因心故4心？為亦因心亦不因心故心？為非因心非不因心故心？為在三世？為在內、外、中間？有何足跡？在何方所？如是等種種因緣中，求心畢竟不可得，如夢如幻，無名無相。爾時，行者尚不見心是生死，豈見心是涅槃？既不得所觀，亦不得能觀，不取不捨，不依不着，亦不住寂然，言語道斷，不可宣說。觀心無心，則罪福無主；罪福性空，則一切法皆空。心無所心，法不住法，作是懺悔，名大懺悔，名破壞心識懺悔。以是因緣，心心寂滅，念念無住，如太虗空。虗空亦不可得，究竟不可得，亦不可得，自然超諸三昧，光明照耀，萬法顯現，通達無礙，廣大如法性，究竟如虗空。惟願得如所願，滿菩提願。眾等各各運心，歸命頂禮。
- 南無毗盧遮那佛
- 南無本師釋迦牟尼佛
- 南無藥師琉璃光如來
- 南無無量壽佛
- 南無盡十方遍法界過去一切諸佛
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- 南無盡十方遍法界未來一切諸佛
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- 南無日光遍照菩薩
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- 南無觀世音菩薩
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- 南無消災障菩薩
- 南無增福壽菩薩
- 南無樂音樹下三萬六千菩薩
- 南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
- 南無救脫菩薩
禮諸佛5已，復次觀心實相，於一一時行一一法，若行若坐若出入，大小便利、灑埽洗澣、運為舉動、俯仰視聽，應當一心存念三寶，觀心性空，不得於剎那頃憶念五欲世事生邪念心，及與外人言語議論、放逸戲笑、視色聽聲著諸塵境，起不善業無記煩惱雜念，不能如法修行。若果心心相續，不離實相、不惜身命，為一切眾生行懺悔法，是名真實一心精進以法莊嚴。是故眾等重復至誠五體投地，歸命頂禮常住三寶。
- 南無毗盧遮那佛
- 南無本師釋迦牟尼佛
- 南無藥師琉璃光如來
- 南無無量壽佛
- 南無盡十方遍法界過去一切諸佛
- 南無盡十方遍法界現在一切諸佛
- 南無盡十方遍法界未來一切諸佛
- 南無藥師琉璃光如來本願功德經
- 南無日光遍照菩薩
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- 南無文殊師利菩薩
- 南無觀世音菩薩
- 南無得大勢菩薩
- 南無無盡意菩薩
- 南無寶曇華菩薩
- 南無藥王菩薩
- 南無藥上菩薩
- 南無彌勒菩薩
- 南無消災障菩薩
- 南無增福壽菩薩
- 南無樂音樹下三萬六千菩薩
- 南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
- 南無救脫菩薩
禮諸佛6已，至心懺悔。弟子某等，與法界一切眾生，從無始來，三障所纏，覆蔽心故，於諸境緣，妄生貪著，愚癡無智，缺於信根，以身口意，造種種業，乃至嫌謗正法，破犯尸羅，展轉常為不饒益事。或住淨地，聖果未圓，流注細微，三昧難就。今遇藥師琉璃光如來，速除罪障，令成妙覺。故我至心歸向，稽顙投誠，發露眾罪，乞求懺悔。惟願大慈願海，平等攝授，使我與法界一切眾生，宿障自除，眾難解脫，破無明殻，竭煩惱河，正見開悟，妙心明徹，安住菩提，常光現前，無病安樂，如所樂求，一切莊嚴，隨心具足，諸根聰利，多聞解了，精持梵行，入三摩地。以無量無邊智慧方便，令諸有情，得受用物，無所乏少，善修種種諸菩薩行，速證無上正等菩提。至於臨欲命終，分明安豫，決往西方無量壽佛極樂世界，八大菩薩，示其道路，於寶華中，自然化生，承佛授記，獲證無量陀羅尼門，一切功德，皆悉成就。然後分身無數，遍十方剎，於一念中，供養法界一切諸佛，於一念中，現種種神力，度脫法界一切眾生，成等正覺。虗空有盡，我願無窮。懺悔發願7已，歸命禮常住三寶。
讚
藥師海會，熾盛光王。八大菩薩降吉祥。七佛助宣揚。日月迴光，福壽永安康。
- 藥師佛
- 藥師佛
- 消災延壽藥師佛
- 南無消災延壽藥師佛
如前舉佛偈，遶壇念佛畢，對佛跪諷怡山發願文，迴向。
歸命十方調御師， 演揚清淨微妙法。
三乘四果解脫僧， 願賜慈悲哀攝受。
弟子某甲自違真性，枉入迷流。隨生死以飄沈，逐色聲而貪染。十纏十使，積成有漏之因；六根六塵，妄作無邊之罪。迷淪苦海，深溺邪途。著我躭人，舉枉措直。累生業障，一切愆尤。仰三寶以慈悲，瀝一心而懺悔。所願能仁拯拔，善友提𢹂。出煩惱之深淵，到菩提之彼岸。此世福基命位，各願昌隆；來生智種靈苗，同希增秀。生逢中國，長遇明師。正信出家，童真入道。六根通利，三業純和。不染世緣，常脩梵行。執持禁戒，塵業不侵。嚴護威儀，蜎飛無損。不逢八難，不缺四緣。般若智以現前，菩提心而不退。脩習正法，了悟大乘。開六度之行門，越三祇之劫海。建法幢於處處，破疑網於重重。降伏眾魔，紹隆三寶。承事十方諸佛，無有疲勞。修學一切法門，悉皆通達。廣作福慧，普利塵沙。得六種之神通，圓一生之佛果。然後不捨法界，遍入塵勞。等觀音之慈心，行普賢之願海。他方此界，逐類隨形。應現色身，演揚妙法。泥犁苦趣，餓鬼道中。或放大光明，或現諸神變。其有見我相，乃至聞我名。皆發菩提心，永出輪迴苦。火鑊冰河之地，變作香林。飲銅食鐵之徒，化生淨土。披毛戴角，負債含怨。盡罷辛酸，咸霑利樂。疾疫世而現為藥草，救療沈疴。飢饉時而化作稻梁，濟諸貧餒。但有利益，無不興崇。次期累世冤親，現存眷屬。出四生之汩沒，捨萬劫之愛纏。等與含生，齊成佛道。虗空有盡，我願無窮。情與無情，同圓種智。