甲三 流通分
時薄伽梵說是語已，諸菩薩摩訶薩；及大聲聞；國王、大臣、婆羅門、居士、天、龍、藥叉、健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽、人、非人等，一切大眾，聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行。
阿難問名以後，佛陀開示經名，大眾聞說經名，無不願皆奉行。所以當「時」在「薄伽梵說是語已」，即講完了此經，在座聞法的「諸菩薩摩訶薩，及大聲聞」眾，還有世俗的「國王、大臣、婆羅門、居士」等人眾，更有「天、龍、藥叉、健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽」等八部眾。現在這兒表示奉行的大眾，就是序分列舉的聞法大眾。如菩薩、聲聞，乃至八部眾中的天、龍、藥叉，在前，或於序分中講過，或於藥叉誓護文中講過，這兒不再複說。其他未講到的，在此略為說明：
健達縛，有叫做乾闥婆，義譯為尋香，因尋覓香氣而食得名，是一種天樂神，諸天不論舉行什麼勝會，都由它出來奏樂以娛天眾，可說是天國的音樂家。它所奏出的音樂美妙，不是人間所能聽到的。阿素洛，有叫做阿修羅，義譯為非天，顯示它有天人的福報，但沒有天人的德性，好鬥心很強，經常與帝釋天戰鬥，每戰無不敗北。以男女眾分別：男阿修羅非常醜陋，女阿修羅卻相當的漂亮。它們還有一個缺點，就是疑心特別大，不肯相信別人的話，對別人說的話採取保留態度，往往因疑心而與人發生爭執。揭路荼，有叫做迦樓羅，義譯為妙翅鳥，或譯為金翅鳥，因它的翅膀是金黃色，亦被認為大孔雀神。此鳥的身體極為龐大，中國莊子所說能高飛九萬里的大鳥，好像就是指的此鳥。相傳它每以龍為食，龍最畏懼的就是此鳥，鳥食龍時，好像人類食麵一樣。緊捺洛，有叫做緊那羅，義譯為疑神，似人頭有一角，究竟是人是神，令人難以辨別，所以說為疑神，亦是能歌善舞的天神，經常跳舞唱歌，以供天人娛樂。莫呼洛伽，有叫做摩睺羅伽，義譯為腹行，就是大蟒蛇。
如此國王、大臣為「人」，天龍八部「非人等，一切」在會「大眾，聞佛所說」此《藥師經》所開顯的微妙藥師法門，一一「皆大歡喜」，個個「信受奉行」！佛法不是空口說說就算了的，必要以純潔的淨信，無所懷疑的接受這大法，從而依之如實奉行，才能真正得到佛法的受用，才能如實得到佛法的體悟，特別像這藥師法門，要想得到消災免難，要想完成增福延壽，更要如法的信受奉行，如不如實的信受奉行，法門雖極希有殊勝，對你是也沒有用處！佛教是重實踐的宗教，不論大乘小乘，無不要人如實的奉行，如將佛法當作純理論來研究，那是絕對的誤解佛法，不是佛弟子所應有的態度！試觀歷代對佛法有貢獻的大德高僧，不唯深入經藏的了解佛法，而且都能如實修行的有所體認，不然不可能會感化廣大的群眾，所以要想得到佛法實益，並影響廣大人群信奉佛法，自己的修持，無論如何是不可忽視的！現代信仰佛法的人多，研究佛法的人亦不少，但感化力不如過去，問題就在於修證的缺乏。如欲使佛法發揚光大，令更多人來信奉佛法，多多宣傳固是當務之急，如實奉行亦是不容稍緩！
此經，過去曾在講堂講過，現在復於學院開講，諸位當中，不論聽過一次或兩次，對於經中要義，想已有所了解，現所望於諸位的，就是應本最後一句所說的『信受奉行』。並祝諸位在現生中，增福延壽，身心康樂，過著極為美滿的人生生活，同時祝諸位消除一切災難業障，普徧饒益一切有情，將來同證無上菩提！
本經全文，分三大科：序分及正宗分都已講完，現講最後流通分。任何一經的中心思想，都在正宗分，所以講得特別詳細；序分和流通分，一是發起，一是結束，都講得很簡略。流通分所以要說明此法的流通，因正宗分所詮顯的旨意，對眾生實有很大的利益，不能讓它只利益當時的大眾，現應將之流通於未來，使未來的眾生，亦能得其利益，所以有此流通分。於中，先由阿難問名，就是此經應當以什麼為名，讓人看到經名，就知經的內容，而且為經立一總題，使人易於憶持不忘，所以向佛請示經題；實是極為重要，免得聽了全經，不知說的什麼。
當「爾」之「時」，就是釋尊讚美藥叉大將誓護大法完畢的時候。「阿難」立即起身「白佛言：世尊」！你老上來所開示的藥師法門，對像法轉時的有情，有著很大的利益，實在是太希有難得了，但「當」以「何名」稱說「此」一殊勝「法門？我等」弟子及未來眾生，又當「云何」如法的「奉持」？尚請慈悲指示，以便有所遵行。「佛」陀應問「告」訴「阿難」說：講到「此法門」，有三個名稱：一、「名說藥師琉璃光如來本願功德」，這在講經題時，已詳細的講過，為一般通用的經題。二、「亦名說十二神將饒益有情結願神咒」，這是從機益的妙用上立名，亦即前說的藥叉誓護的一段文。三、「亦名拔除一切業障」，這是從眾生得以消災免難，增福延壽，拔苦與樂的實際效益得名的。經題如此，你知道了，「應」當「如是」依之如法受「持」，必會得到藥師法門的勝益。經題可以統攝全經的要義，對這三個經題，如能憶持不忘，對於經中義趣，也就大體記取！